Il Comitato Direttivo del Centro Studi Cetacei della SISN era formato da 7 membri eletti dall'Assemblea dei membri in occasione del Raduno nazionale annuale. I membri restavano in carica per un periodo di 4 anni.
Il Coordinatore del CSC era invece eletto dal Comitato Direttivo.

Dalla costituzione del CSC, nel 1985, fino al 1990, il dr. Giuseppe Notarbartolo di Sciara ne è stato il Coordinatore.
In quegli anni lo ha coadiuvato un gruppo di persone non ancora riunite in un Comitato Direttivo ufficialmente eletto dai membri (Maria Luisa Azzaroli, Gianni Bello, Luigi Cagnolaro, Antonio Di Natale, Michela Podestà, Tommaso Renieri, Leandro Stanzani).

Dalla riunione di Orbetello, nel dicembre 1990, fino al 1993 gli è succeduto nel coordinamento il dr. Luigi Cagnolaro, affiancato dai seguenti membri: Marco Borri, Antonio Di Natale, Giuseppe Notarbartolo di Sciara, Michela Podestà, Tommaso Renieri, Leandro Stanzani.

Dalla riunione di Napoli, nell'ottobre 1993, è coordinatore il dr. Marco Borri e membri del Comitato Direttivo sono: Flegra Bentivegna, Luigi Cagnolaro, Antonio Di Natale, Vincenzo Olivieri, Michela Podestà, Tommaso Renieri.

A partire dal dicembre 1999 e fino al 30 novembre 2003 il Comitato Direttivo era così composto (in ordine alfabetico):
 

Dr. Marco Borri, Museo "La Specola" di Firenze, Sezione del Museo di Storia Naturale dell'Università di Firenze - Coordinatore Nazionale

Dr. Alessandro Bortolotto, Zoönomia e Dipartimento di Scienze Sperimentali Veterinarie, Università degli Studi di Padova, Agripolis (Legnaro)

Prof. Bruno Cozzi, Dipartimento di Scienze Sperimentali Veterinarie, Università degli Studi di Padova, Agripolis (Legnaro)

Dr. Antonio Di Natale, Aquastudio Messina - Acquario di Genova

Dr. Gianni Pavan, Centro Interdisciplinare di Bioacustica, Università di Pavia

Dr.ssa Michela Podestà, Museo di Storia Naturale di Milano

Prof. Tommaso Renieri, Università degli Studi di Siena
 

Il Comitato Direttivo si è riunito nel corso del 2000 a gennaio (Firenze), luglio (Milano) e dicembre (Sabaudia).
Nel corso del 2001, a gennaio (Milano), giugno (Bologna), luglio (Milano), dicembre (Monte Argentario).

Nel corso del 2002, a marzo (Milano), maggio (Riccione), settembre (Milano).
 
Nel corso del 2003, a gennaio (Milano) a Firenze (aprile), a Milano (luglio), a Milano (ottobre) e a Sperlonga (novembre).

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